При Петре обострилось противостояние России и Оттоманской Порты. Петре, как известно, завоевал Азовскую крепость и попытался сформировать антиоттоманский альянс с европейскими державами, которые, однако, предложение отклонили, опасаясь чрезмерного усиления России. Обращаясь к европейцам Петр использовал христианскую идею как обоснование войны с исламской Портой. Еврпеизация России по мысли Петра означала не только создание регулярного государства, но и проект всеобщей христианизации подданных. Интересно, что именно при Петре наметилось сближение различных христианских направлений, и дискриминация в отношении католичества и лютеранства снизилась. Но существенно интенсифицировались накаты на мусульман и язычников. Как и раньше, основными инструментами обращения оставались фискальная политика и драконовские законы. При этом, надо признать, Петр Алексеевич был первым российским правителем, который осознал бесполезность насильственного крещения и делал упор на просвещение. Он заставлял духовенство изучать языки местных народов, жить среди них, зачислять детей иноверцев в российские учебные заведения с последующим крещением. Сам лично крестил многих, включая калмыцкого тайшу Баксай-Доржи, впоследствии известного под именем Петра Тайшина (случай, напоминающий крещение Петра Бадмаева 150 годами позднее). Одним из главных побудительных стимулов интенсификации христианизации ыбл страх возникновения исламской оси внутри России, чего активно добивались Крымские ханы, а за их спиной Османские правители. В этот антирусский альянс много раз (и не всегда безуспешно) пытались втянуть и буддийских калмыков. Петр действовал решительно, и попытки обращения в Ислам язычников или христиан пресекались немедленно и нещадно. Так, в 1681 году под предлогом того, что некоторые татары пытаются перевести в Ислам русских крестьян у них были конфискованы земли. Позднее наказания за попытку исламизировать или перевести в иудаизм христиан еще более ужесточились. За это власти грозили сожжением заживо и миссионера и неофита. Задокументировано несколько таких случаев. В 1713 году крупные татарские землевладельцы были поставлены перед ультиматумом: или принять крещение или потерять земли. Земли отказавшихся были перераспределены в пользу русских землевладельцев. Так в эпоху Петра началась активная колонизация русскими Поволжья. При Петре усилилась и христианизация калмыков, ранее остававшихся вне пределов миссионерской активности. Россия слишком ценила военный альянс с калмыками, чтобы дать священникам его разрушить. Уход калмыков в лагерь крымского хана представлялся тогда катастрофой. Но при Петре были усилены оборонительные линии на юге и с калмыками перестали излишне церемониться. Тем не менее, пресс на буддистов не был столь же силен, как давление на мусульман. В вопросе с калмыками, Россия не видела опасности со стороны буддизма и ценила лояльность калмыков в своем противостоянии с мусульманами. Власти надеялись христианизировать калмыков постепенно через их оседливание и внедрение экономических мер. Получилось, однако, все не так, как планировали. Выдавление калмыков с их пастбищ и их обнищение не привело к оседанию калмыков, но вынудило их бежать в Джунгарию. Оставшиеся калмыки в подавляющем большинстве не отказались от своей веры, несмотря на ограничения, введенные правительством в конце XVIII-начале XIX века. Что касается бурят, то политика Петра и последующих императоров и тут вплоть до конца XIX века была осторожной. Петр пошел на встречу требованиям хори-бурят в 1703 году вернуть в пользование породные земли по берегам рек Селенги, Ана, Уда, Хилок, Курба, Тунгуй, Чикой, ибо опасался, что многочисленные и ужасающие злоупотребления воевод в Сибири грозит бунтами местного населения и потерей Россией значительных территорий в пользу Цинской империи. Буряты побудили Петра к осуществлению кардинальной административной реформы в Сибири, затронувшей все сферы ее населения, кроме "инородцев", которым из геополитиечксих соображений была дана автономия внутренней жизни. Православные миссии на тот момент в Восточной Сибири были еще слабы. В 1680 году была послана и закрепилась в Селенгинском остроге Даурская миссия от Тобольского Архиепископата. Но ее влияние на бурят было слишком слабо и уступало даже лондонским миссионерам.

Ограничения в отношении буддизма Забайкалья вступили в действие с Инструкцией пограничным дозорщикам Саввы Рагузинского уже после Петра. По сути официальное признание буддизма произошло именно тогда. В 1741 году произошел лишь формальный акт признания этого факта монархиней.