Подобный запретительный характер Инструкции в религиозном вопросе отражает опасения России. Как справедливо отмечает Герасимова: "...прозорливый государственный деятель предвидел дальнейшее развитие ламаистской религии в крае", и, добавлю, хорошо понимал ее существующее и потенциальное влияние на умы верующих. Ведь существовавшее положение, когда новые подданные империи имели духовно-административные центры зарубежом, в стране не вполне мирно настроенной в отношении к империи, не могло не представляться Рагузинскому нормальным. Поэтому изоляция бурят-монголов от остального монгольского мира предполагала изоляцию их религиозных институтов от мира буддийского, во многом находившегося под политико-административным контролем Цин (к этому моменту маньчжуры уже подчинили своей власти институт Далай-лам). Поэтому ограничительный характер Инструкции связан не с численностью монашества и монастырей, как во всех последующих правовых актах, касавшихся буддийской религии, а с насущей задачей обеспечения автономии верующих подданных от теперь уже зарубежных единоверцев. Однако введение запрета было неэффективным, и в 1741 году власти даже объявили об угрозе смертного приговора ламам, незаконно пересекающим границу, но и это, хотя и сильно ограничивало, но не изолировало Забайкалье от буддистского духовенства. Смертную казнь, впрочем, российские власти едва бы решились применить в этом регионе.

Рагузинский понимал, однако, что властям будет крайне проблематично обеспечить эту автономию, и связи с остальным буддийским миром административными мерами не пресечь, тем более что в деле охраны границы империя сама должна была полагаться на помощь этих самых буддийских подданных в связи с физической нехваткой русских служилых в крае. Специфика ситуации заключалась и в том, что в наиболее развитом виде буддизм успел установиться только у монгольских родов недавно принявших подданство России. Речь идет о цонгольской военно-родовой конфедерации под предводительством Лувсан-тайши, сына знаменитого чингисида Ухина Хонтогорова, являвшегося внуком халхасского Цокту-тайджи, верного соратника последнего всемонгольского хана Лэгдэна. Для России приобретение в подданство представителя монгольской аристократии было чрезвычайно большой удачей и даже определенной политической победой. Вместе с Ухином в пределы России в начале XVIII века пришли высокородные потомки Бэхэ Бэльгутая, что повлекло отчаянные попытки цинских властей вернуть беглецов назад уговорами (для этого в Забайкалье был отправлен брат бежавших аристократов Тойн-гуши, который, однако, не смог вернуть беглецов). Маньчжуры предали анафеме Ухина и исключили его имя из списков родовой монгольской аристократии. Вместе с Ухином в южное Забайкалье прибыло и 150 тибетских и монгольских лам, вероятно, бежавших от преследования маньчжуров и беспорядков в степях в связи с халхасско-ойратскими войнами. Известно, что одним из бежавших лам был монах из крупного восточно-тибетского монастыря Чжонэ Нгаванг-Пунцог (в бурят-монгольском произношении Агван-Пунцуг). К 1723 году после смерти Ухина главенство над цонголами и наследственный титул перешли к его приемному сыну Лувсану, который в 1728 году был назначен главным тайшой селенгинских бурят-монголов. Находившемуся при нем наиболее авторитетному буддийскому священослужителю Агван-Пунцугу был, соответственно, поручен отбор мальчиков в хувараки, о котором говорится в Инструкции. Кроме автономизации буддийского прихода власти должны были обеспечить и репродукцию ламского сословия из местного населения, что тогда же и было сделано.

Эти меры стали первым шагом к централизованной и иерархической буддийской общине, к которой стремились власти. Рагузинским были предприняты меры для пресечения прямого административного влияния буддийских центров на бурят-монгольских буддистов и централизации прихода в рамках главного селенгинского тайшинства. Уже тогда по сути Агван-Пунцуг получил главенствующее положение в среде духовенства, а центр буддизма в Забайкалье на несколько десятилетий утвердился в кочевьях цонгольского административного рода.