К моменту своего пришествия в Забайкалье буддизм получил уже достаточно прочные позиции в Халхе. Буддизм начал тут свое распространение в правление Абатай-хана и насчитывал уже более 100 лет своей истории. Уже были построены крупнейшие монастыри и в процессе развития находилась своя оригинальная монастырская система. Она формировалась под непосредственным влиянием политических реалий монгольского общества того времени, главным признаком которого оставалалась раздробленность. В XVII-начале XVIII вв. монгольский мир состоял из отдельных владений монгольских аристократов, и попытки объединить их в единое целое не приносили успеха. Этим обсуловливалось и отсутствие административного единства монгольского буддизма, однако внутри отдельных улусов монгольской аристократии существовали центростремительные тенденции. В духовном и образовательном отношении монгольские буддисты пребывали в зависимости от тибетских монастырей и религиозных институтов. Так, авторитет крупнейших гелугпинских центров и иерархов среди монголов был чрезвычайно высок, а крупнейшие монгольские хубилганы часто являлись этническими тибетцами. К концу XVII века в правление Тушету-хана, в чьем подданстве находилось и население части Забайкалья, особый авторитет получил его брат Ундур-гэгэн, прозванный так за высокий рост. Стремясь закрепить влияние традиции гелуг в северной Халхе Далай-лама V Агван-Лобсан-Чжамцо признал его перерождением авторитетного тибетского ученого монаха Таранатхи Гунга-Ньинбо и даровал титул Джебцзун-Дамба-хутухты. Статус перерожденца и принадлежность к правящему клану чингисидов позволили Ундур-гэгэну подчинить своему влиянию монастыри тушету-хановского улуса. Однако, в условиях кризиса в степях Монголии, связанного с войной с Галдан-Бошокту-ханом, халхасские князья были вынуждены принять подданство Цинского императора на Долоннорском съезде и начать интеграцию в политико-административные институты империи - Цинскую знаменную систему. Для управления своими владениями во Внутренней Азии маньчжуры создали специальное самостоятельное ведомство Лифаньюань, в ведение которого входило и управление монгольскими монастырями. Наделив Джебцзун-Дамба-хутухту собственным уделом вокруг его ставки в Урге, названным шабинским ведомством, власти лигили его права управления другими монгольскими монастырями и монастырскими наделами, остановив, таким образом, наметившийся процесс централизации буддийской церкви северной Монголии. Более того, обеспокоенные перспективой сращивания буддийской иерерхии с монгольской родовой аристократией (весьма опасная в глазах маньчжуров тенденция консолидации монголов), император своим эдиктом велел искать перерождение Джебцзун-Дамба-хутухты только среди тибетцев. Все последующие иерархи этой линии, включая предпоследнего и нынешнего являются этническими тибетцами. Для управления буддистами Внутренней Монголии власти создали институт Чжанчжа-хутухт, личных наставников императоров Цин, лояльных империи, чей религиозный авторитет распространялся на буддистов этого монгольского региона. Повторим, что все монастыри Монголии подчинялись только Лифаньюаню, административно никак не завися от религиозных иерархов в Тибете или Монголии. Таким образом, цинские власти установили контроль над религиозными институтами Монголии.

Кризис халхасско-ойратского и маньчжуро-монголо-ойратского противостояния вызвал обширные миграционные процессы в степи. Подавление мятежей, военные столкновения, коренная ломка сложившегося положения дел побуждала многих искать более спокойные пастбища на западе и севере Великой Степи. Сами халхи в 1680-х годах рассматривали вариант бегства в Россию и принятия подданства российского императора. Интересно, что именно религиозный вопрос заставил их отвергнуть этот вариант и обратиться за подданством к Цинскому императору, всегда позиционировавшего себя в качестве защитника буддийской Дхармы. Мигранты их Халхи впервые принесли буддизм на территорию южного Забайкалья до закрепления российско-цинских границ в конце XVII века. Принявшие шерть Белого царя цонголы, табангуты, сартулы, атаганы, находившее ранее в зависимости от Тушету-хана, на момент принятия присяги в присутствии Головина уже имели свое духовенство и первые передвижные кошмовые дуганы. Об этом свидетельствуют выразительные "казацкие скаски" десятника Москвитина, служилых Афанасьева, Пермитина, Васильева, побывавших в кочевьях табангутов и цонголов еще в 40-50-70-х годах XVII века. Бежавшие в 1712 года в пределы Забайкалья 150 тибетских и монгольских лам, о которых рассказывается в различных бурятских летописях, стали основой для буддийской монашеской общины бурят-монголов. Как сообщается в летописи Вандана Юмсунова, эти беглые ламы были распределены по селенгинским и хоринским родам для удовлетворения религиозных нужд населения, в соответствии с вновь введенными Рагузинским правилами.